1980年杜琪峰应好友刘松仁之邀，执导了首部电影作品《碧水寒山
夺命金》；在动作片和西部片熏陶下度过少年时代的杜琪峰把这部电影拍成了一部武侠动作片，影片上映之后杜琪峰感到自己的经验不足，于是回到无线电视台拍摄电视剧，并且由制作助理升至编导、监制。
1983年担任无线电视台出品的武侠剧《
射雕英雄传》的执行导演。1986年杜琪峰应新艺城老板黄百鸣之邀，执导《
开心鬼》系列的第三部《
开心鬼撞鬼》，这部电影在香港取得了1600万的票房。
1988年杜琪峰和金杨桦合作执导了徐克工作室出品的电影《
城市特警》，虽然该
片的票房不佳，但是却是他首次接触警匪题材的电影；同年执导由周润发、张学友主演的喜剧电影《
八星报喜》。
1989年他执导了文艺片《
阿郎的故事》，该片是杜琪峰第一次在没有徐克和黄百鸣的情况下自主导演，这部电影不但在香港获得了3100万港币的票房，还为他赢得了第9届香港电影金像奖最佳导演奖的提名；同年他执导了喜剧电影《
吉星拱照》，该片于1990年1月18日在香港上映，并且以2029万的票房成绩名列1990年香港十大卖座片之一。
1991年杜琪峰为东方电影公司执导电影《
踢到宝》，该片借用了警匪片和灵异片的一些桥段，仍是典型的新艺城风格喜剧。之后杜琪峰和黄百鸣、P嘉珍联合组建了百嘉峰电影制作公司，公司主要由杜琪峰主持。
1992年执导由周星驰主演的无厘头喜剧电影《
审死官》，该片于1992年7月2日上映，以4988万的票房打破香港电影票房纪录，成为香港电影年度票房冠军和年度十大卖座片之一。
1993年杜琪峰推出了好莱坞类型的漫画英雄式电影《
东方三侠》；同年杜琪峰还执导《东方三侠》的续集《
现代豪侠传》，这部电影融合了科幻、灵异、警匪、女侠等各种元素。
1994年在为不同公司制作了大量各种不同类型的电影后，杜琪峰决定重新思考自己的导演之路，于是他休整了一年。1995年杜琪峰执导了由刘青云主演的电影《
无味神探》，这部电影打破黑白对立的传统警匪模式，是杜琪峰电影生涯中重要的转折点。
1996年杜琪峰和韦家辉、游乃海等人合组了银河映像电影公司；同年他拍摄了银河映像团队的创业作《
十万火急》，这部电影以消防队员的故事为主题，由杜琪峰执导并监制，并且获得了第17届香港电影金像奖最佳导演奖的提名。
1998年杜琪峰凭借电影《
真心英雄》获得了第五届香港电影评论学会大奖最佳
导演奖。1999年杜琪峰执导了黑帮电影《
枪火》，该片是杜琪峰导演生涯的一次突破，标志了杜氏风格的成熟；凭借这部电影杜琪峰获得了第19届香港电影金像奖、第37届台湾电影金马奖和第5届香港电影金紫荆奖最佳导演奖。
2000年杜琪峰凭借电影《
暗战》获得了第19届香港电影金像奖最佳导演奖提名；之后杜琪峰入主中国星集团并担任营运总裁，专门负责影片的制作和发行，并联合徐克、林岭东和陈嘉上等人成立一百年电影公司；同年他还与韦家辉共同执导了爱情喜剧电影《
孤男寡女》。
2001年和韦家辉共同导演执导喜剧电影《
钟无艳》；同年他还执导了由刘德华和反町隆史主演的动作片《
全职杀手》。2002年与韦家辉共同执导由梁咏琪、金城武领衔主演的爱情片《
向左走，向右走》。
2003年执导动作剧情片《PTU》，该片是杜琪峰纯粹为自己拍摄的理想电影，凭借这部电影杜琪峰获得了第23届香港电影金像奖最佳导演奖；同年他执导了由刘德华、张柏芝、张兆辉主演的《
大块头有大智慧》，并且获得了第23届香港电影金像奖最佳导演奖提名。
2004年杜琪峰拍摄的《
柔道龙虎榜》是一部向黑泽明致敬的作品；同年执导由任贤齐、陈慧琳、张家辉联合主演的警匪片《
大事件》，杜琪峰将这部电影拍成了写实片，该片不仅参加了戛纳影展，还让杜琪峰在第42届台湾电影金马奖颁奖礼上获得了最佳导演奖。
2005年杜琪峰执导了对香港
黑社会进行全景式描述的写实电影《黑社会》，凭借这部电影他获得了第25届香港电影金像奖最佳导演奖、第12届香港电影评论学会奖最佳导演奖以及第42届台湾电影金马奖最佳导演奖提名。
2006年执导黑帮题材的电影《
放逐》，该片不仅入围第63届威尼斯电影节竞赛单元，还让杜琪峰获得了第12届香港电影金紫荆奖最佳导演奖以及第13届香港电影评论学会大奖最佳导演奖。
2008年杜琪峰历时四年拍摄的电影《
文雀》入围了第58届柏林电影节竞赛单元
；同年担任第65届威尼斯国际电影节评委。2010年担任电影《
报应》的监制，同年他还执导了都市爱情电影《
单身男女》。
2011年执导由刘青云、何韵诗、任贤齐主演的犯罪题材的电影《夺命金》，凭借该片杜琪峰获得了第49届台湾电影金马奖最佳导演奖、第12届华语电影传媒大奖最佳导演奖、第3届中国电影导演协会年度港台导演奖；同年担任第64届戛纳国际电影节评委。
2013年7月4日执导的电影《
盲探》在中国内地和香港同步公映；同年执导由孙红雷、古天乐领衔主演的警匪电影《
毒战》，该片是杜琪峰首部破亿的影片，同时这部电影还打破了中国内地警匪电影的最高票房纪录。
